2001 wurde von der Kongregation der Schulschwestern vom 3. Orden des hl. Franziskus der Schulverein St. Franziskus gegründet.
Den drei Standorten St. Franziskus, St. Elisabeth und Elisabethinum wurde eine gemeinsame Ausrichtung und Verwaltung gegeben. 2009 kam als 4. Standort das Haus Klara von den Simmeringer Schwestern der Schmerzhaften Mutter dazu.
Im Jahr 2025 erfolgte die Eingliederung des Schulvereins in die Vereinigung der Ordensschulen Österreichs